第三、四任校長：趙涵捷
99.08 ~ 105.01

1. 興建完成工學院大樓、取得活動中心暨游泳池新建工程構想書核定並進行中正堂、機械舊館、舊校長宿舍拆除工程及和洋建築整修工程。
2. 新增設綠色科技學程碩士在職專班、數位學習碩士在職專班、生物資源學院碩士在職專班、電機資訊學院碩士在職專班、人文及管理學院高階經營管理碩士在職專班(EMBA)、休閒產業與健康促進學系，並將通識教育的行政組織提昇，成立院級組織。
3. 100年至105年每年皆獲得教育部獎勵教學卓越計畫，獲補助金額更是逐年提升。

第二任校長：江彰吉
95.08 ~ 99.07

1. 興建完成生物資源大樓、綜合教學大樓並進行工學院大樓之興建工程。
2. 新設生技所博士班。
3. 獲教育部獎勵大學98年度教學卓越計畫。

第一任校長：劉瑞生
92.08.01 ~ 95.06.30

1. 本校學院時期校長升任。
2. 增設

   ●日間部：

    工學院四系三所。

    電機資訊學院二系一所。

    生物資源學院五系二所。

    人文及管理學院二系一所。

   ●夜間部：

    進修學士班三系。

    四技進修部三系。

3. 興建完成運動場、地下停車場、圖書資訊大樓等重大建設，並完成新建校門入口景觀及校園美化、綠化等大工程。
4. 進行中新建工程含生物資源大樓、校區污水系統；並完成綜合教學大樓校本部活動中心之規劃。